現状の研究興味 (研究室外のテーマ)

嗅覚情報をコンピューターで取扱いたい。匂いの認知、知覚を再現したい。どのようにしたらこの系を構築できるであろう?そもそも現在までにいろいろの情報を集めてきた。香りとは何なのだろうか?

自分のそもそもの根底にある技術ベースは理学の化学、それも有機化学である。調香も勉強をした。学生の頃に打ち込んだのはホストゲスト科学だった。

ホストゲスト科学はその時点においては、そこまでの実用性はないものだった。ある程度のパースペクティブ(将来的な化学という領域の進むべき方向性への俯瞰)をもたらしたが、ホストゲスト科学をベースにして工学的な応用を検討するとか、その挙動に関して物理化学的な手法で定量化し、ホストゲスト挙動に対しての理論的検討を行うとか、モデル的なホストゲスト科学の理論研究・実験を通じて生体の分子挙動を解釈・シュミレートするとか、そのような広がりはなかなか構築されなかった。

たとえば計算化学は有機化学における素反応の解析や光化学挙動について一定の解釈を与える働きをしたが、ホストゲスト科学に対してはあまり実用的な考察の道具にはならなかったように思う。その理由は、計算化学は量子化学的な計算と、分子動力学のような古典的物理化学から成っている、しかしホストゲスト科学は、分子が巨大(生体のホストゲスト科学はタンパク質であるのでより巨大)で、溶媒環境中での挙動を検討してゆかなくてはならない事から、量子化学に基づく計算化学が困難。また分子構造を考えたうえで、共有結合のような相互作用ではなくもっと弱い相互作用を検討してゆかなくてはならない事から、分子動力学的な手法では答えが出しにくいテーマであったと言える。このために、ホストゲスト科学は自然科学にテーマを投げかけはしたが、あまり大きな科学的成果や技術シーズには繋がらなかったと言えるのではないだろうか。

香りの受容メカニズムにおいて、嗅覚細胞上の嗅覚受容タンパク質(哺乳類の場合はGPCR)は動物種によって異なるが、10-1000種類くらい存在している。それに対して香気分子種は10000種以上(要出典)といわれている。このたんぱく質の香気物質に対する選択性は、ある程度の選択性を持っているものの、フェロモン~フェロモン受容タンパク質ほどの鋭敏な選択性を示すわけではない。これはホストゲスト科学でもよく見られる傾向で、低分子量の化合物・水素結合部位の少ない化合物においては、選択性の低い包接挙動しか観測できなかったりする。香気分子は低揮発性でかつ疎水性であるので当然選択性は低くてしかるべきであろう。だがそれでも、嗅覚受容細胞は応答し、信号を発し、複数の経路から得られた信号アレイは脳内で処理され、香気の認識・知覚となる。このような実際の生物の挙動を解釈する際に、香りの科学をやってゆく上で、このホストゲスト科学を意識することは解釈に近づく一歩になるのではないか、と考えている。

現在考えていることとしては、純粋な理論だった化学とは異なる方向からアプローチする事を考えている。塩基配列などの生体情報から、何らかの結論をマイニングして来るような、バイオインフォマティクスのようなことが出来ないかと考えているのである。それは化学インフォマティックスのような名前であろうと思う。そしてこれらの技術基礎は従来より行われてきた古典的な化学情報学の手法に立脚するものの、為そうとしていることは情報の整理・統合環境づくりというよりは、その集積からのマイニングになる。これまで化学情報学においてマイニングという言葉が出てきたことはほとんどなかった。しかしながら、このマイニングという観点からソフトウェア上に研究を組み立てられないか、と考えている。

このマイニング系で嗅覚のコーディングを解析できないかと考えている。化学情報学的な表記方法で香気分子の構造やタンパク質の情報を記述して評価する。今回この方法が使えるかもしれないと考えたのは、嗅覚受容タンパク質の構造が一連のファミリーになっていて、受容後の細胞内メカニズムの類似性も期待できたからである。

なおこのマイニング系の有用性が確認されれば、製薬におけるフラグメント~生体活性などもある程度の情報の蓄積から判断できるようになるのではないだろうか?製薬における薬理受容体はGPCR群であり、薬理フラグメントとGPCR系タンパクの構造の相互作用係数の相関が明確になれば、ターゲットGPCRから薬理活性な分子デザインへと繋げていけるかもしれない。もちろんマイニング材料に量子化学計算の結果や分子動力学法による結果も含めることで、より高い精度のマイニングが可能になって行くとも思われる。

静岡でパイソンのミーティング(4/14)、静岡の雰囲気とか

(4/14したこと)

静岡パイソンはそれなりに上手くいった。もちろん自分はプログラマーでもないし、SEでもないので、そこまで積極的な貢献はできないのだが、場を壊すこともなく、参加できたのはよかったのかもしれない。本当なら飲み会まで参加できれば面白かったのかもしれないが、そこまで初回から打ち解ける人間ではないのと、同日中に帰宅しようと思っていたことから早退した。

今回質問しようと思っていた内容はやはり量子化学計算に関して。

  • GAMESSまでパスを通しての化学情報学をやりたいが、それはWINDOWS環境で構築可能なのか?またMOPACなどの半経験的手法による処理もできないか?
  • また、タンパク質の構造を構造表記する際に有用な表記方法を考えたい。
  • 低分子化合物であればSMILESやMDL_MOLなどを使用すればよい。だが巨大分子、タンパク質などをハンドリングしようとするとサブドメイン構造などの簡略表記方法の検討が必要になると思われる。この辺のところの処理に関して既存知見があるのかを知りたい。

など

その他。じぶんは静岡は初めて降りた。静岡は結構コンパクトで、それでいながら官庁機能も集約されており、かつ旧城下で町の構造にも品とかあるようなイメージの町だった。

旧国鉄の駅は多くの場合町の外れに作られるが、静岡駅(新幹線停車駅も同じ駅)は城の南東に位置し、城跡まで歩いて行ける、私鉄の終着駅新静岡は城のすぐ東側もう少し東南に進むとJR静岡駅。南側は旧市街であり、通りの名前もそれを反映して呉服町などの名前もある。城の南側すぐとなりに市役所、県庁、葵区役所がある。

帰宅は少々困難だった。終了が時刻通りで意外に早かったことから、バスを一本早めようとしたのだが、東名高速で意外と大きい事故があり、バス到着時刻の遅れが予想された。東名江田からあざみのまでのルートが少々怪しかったこと、終電に乗れなくなると厄介なことから、高速バスの利用は断念した。

代わりに新幹線を利用することにした。新幹線では静岡はこだまとひかりの停車駅であるが、こだまでは新横浜まで一時間ほどかかってしまうのにたいして、ひかりでは40分ほどの所要時間である。どちらを利用するにしても一時間に一本程度の運行密度である。新静岡のバス乗り場から静岡の新幹線乗り場までの移動で、ちょうどひかりの出発直後であったために、電車待ちが一時間ほど発生してしまった。ついていないときはついていないものである。

結局駅ビルをうろつき回って、夕食代わりのカレーを食べた。ついていないときはついていないが、仕方がない。だが余計に疲れてしまっていた。大人しく喫茶店でブログ書きでもしていれば体力も少しは温存できていたのだろうが、疲れているときは頭も回らないのでこれもまた仕方がなかったか、と思った。

帰宅後、その日の内はしごとにならなかった。翌日はPC環境をダブルブート化した。

refs.
1.Shizuoka.py : ATND
2.east_01_time.pdf高速バス時刻表
3.東名ハイウェイバス 東京⇔静岡・浜松・名古屋(東名沿線) | ジェイアールバス関東
4.東名高速バス時刻表・乗り場案内
5.東名静岡と静岡インター入口って違うんですか? – Yahoo!知恵袋バス(静岡)注意事項

ブラックベリー端末に関する雑感(9300→9700(→9900))

(13/3/31)ブラックベリー端末を9300→9700にしてみた

ここ5年ほどであっという間にスマートフォンの形勢は決着してしまったが、細々とRIMも新しい機種を出してきた。その系統は9000以降3代に分けられると思う。初代9000、2代目、9300、9700、9780、3代目9900である。もっともコンパクトでメモリーも必要充分でタッチを必要としていないのであれば9780だと思う。いまもっとも使いやすいのは9900だと思う。ドコモ公式サポートの最終機種になる可能性が高く、結構駆け込み需要が中古業界で発生しているようである。駆体の出来でもっとも良いのはやはり9000なのではないかな、と思う。

結構ヤフオクでは商品の流通が活性化しているような気がしている。とかなんとか見ていたら9700が以外に不人気で割りと安価に流出していたのでちょっとおさえてみた。果たして9300と比較してその出来はどれ程のモノなのか…?気になっていた。

大分安価になっていたので、ヤフオクで調達した9700。本体重量は少し重くなったが、画面の精細が向上したのでちょっとLINEなどは見映えがよくなった。逆にヤフオクで9300はあまり見かけないので、値段のつくうちに手放しても良いのかもしれない。個人的には9700の方が出来の良い端末だと思うが、9300の方が後発でドコモのソフトウェアアップデートなどでも優遇されているので、市場評価は高いようだ。OS6に対応しているので割りとまだ取引価格が多いようである。ブラックベリー9300はネットオークションに出品してみることにした。

9300には色々とお世話になった。軽くて電池の持ちもよく、きちんとメモリを積んでいたので、メモリ不足のトラブルになることもなかった。画面の精細が良くて、端末の出来がもう少しよかったら、よかったが。

キーボードの感触としては9300は結構良い方であるようで、カチカチッとしたキーボードの感触は上位機種よりも良いかもしれない。その意味では手元に残しておきたい気はするのだが、換金可能な期間としてのこの機種の寿命を考えると、そろそろ終わってしまうのではないか?と思ってしまう。OSアップデートは今のところ最新のものとしてドコモから取り扱いを受けてはいるが、いつまでそれが続くのかは不明瞭なところが大きい。画面サイズや本体の質感で云うと9700、9780の方が大きい。キーの押した感じのよさ、コンパクトさや、OSの取り扱いは9300の方に分があるかもしれない。本質的に最良は?というと9900になるのだろうが。

しかし、本質的にはblackberryは便利なシステムだ。imodeアドレスがちょっと不通なのだが、きちんと使えるようになるまでのセットアップは早かった。それに9300をバックアップしてのそれの設定を9700に移行するのも楽ちんだった。

個人的にはブラックベリーのサービスは気に入っている。

やはりブラックベリーは打ちやすいのか?少なくとも自分は気に入っていて、フルキーボードも連続文字入力が相当楽で、ブログ草稿はブラックベリーでも作成している。長文を作成するときにも楽だし、日本語変換もそこまでお馬鹿ではない。ブラックベリーのユーザーの多くはこのフルキーボードを結構愛しているようだ。ちょっとブラックベリーの入力関係を設定変更してみた。入力速度と云うのが設定変更できるらしく、やや早いにしてみたのである、効果は少々不明だが。パソコンほどの大がかりな装置がなくても喫茶店などで文面が作成でき、作成した文面をメール形式でevernoteにあげてしまうと、どこでも確認できるのでありがたい。

ブラックベリー端末は旧時代のスマートフォンなのかもしれないが個人的には使いこなせてきているように思う

(参考記事未編集)

研究の方向を考え直す

研究室の移転と配置換えの件について、研究方針について

研究室としてはすずかけに移転する。先生は所属が知能システム工学となり、教授へと昇進する。とりあえず、当面、研究テーマとしてはそこまで大きく変わるモノではないと考えられる。ここまで、研究室としてはQCMセンサー作成+アレイデータ解析技術を中心としてきた。ただしそれらのテーマでは想定しえなかった世界もあるのかもしれない。

直近のテーマ、生体の嗅覚を遺伝子技術によってバイオセンサーとして利用する系は、優先的に研究しなくてはいけないテーマである。

ただしその直近テーマの他にも、大きな流れの中で考えてゆかなくてはいけないテーマもこの研究室にはあると思う。勝手に自分の考えを述べるべきではないのかもしれないが、嗅覚情報のコーディング、あるいは人工嗅覚の構築と云うテーマが研究室の課題、もしくは留意しつつ研究を進める事になるのではないか?と思う。実際の脳における嗅覚機能に近いニューラルネットワークの構築が成し遂げられないだろうか?それもコンピューター上に。香りを処理するようなニューラルネットワークを形成する、嗅覚に特化した人工知能をブラッシュアップ・育て構築する、とも言える。

研究の土台は着々と形成されつつあると言える。なお、香りを処理するニューラルネットワークを形成しようとした際にも、自分はそれにおそらく貢献できるであろうと思う。

自分の直近で為そうとしているテーマ「嗅覚受容細胞系におけるコーディングの偏りをソフトウェア的に解釈すること」にとって、化学情報学的な処理技術基盤を確立した上での香気分子の構造パラメータ化は必要になってくるだろうと思っている。マトラボを使用した近似式の実装化も必要であるが、その際に有効となるのは化学情報学であろうと考える。汎用的な要素臭開発、汎用的な香気近似システムの互換性向上のための化学情報学の取り扱い基礎技術、それに立脚した互換ソフトウェアの実装化は今後必須になってくると思う。

このような直近では香気物質の取り扱い、将来的には化学情報学ベースの取り扱いにおいて、自分はそれにおそらく貢献できるであろうと思う。

紺のスーツをもらう

スーツを取りにいってきた。服はそこそこマトモなかんじ。

前回ミスがあったために、ちょっとぎくしゃくした感じだったのだが、それは相も変わらず。

一応服はそこそこマトモなかんじ。ちょっとシャナリとした感じの生地で3つボタンシングル。華紺で艶感のあるイタリア・カノニコの無地、平織り春夏で織り柄は細かいヘリンボーン。初回に頼んだスーツを踏襲してサスペンダー吊りにした。ゴージ位置を少し低めにして、セミノッチで頼んだ。ステッチをコバではなくアメトラのような7mmで入れたので、セミノッチが少し強調されている。この辺がちょっと個性的。裏地はかなり厳密に色調、トーンを合わせた紺系で総裏。ボタンは黒のホーンボタン。

前回に頼んだ服は強撚糸のチャコールグレイ、裏地は紺、茶のホーンボタン。ビジネスにおいては結構モテ服で、日本テルペン(神戸香料)にも着て行った。そのときは向こうの社員の印象もそれなりに良さそうな感じを持ってくれたようだった。またこの前の名古屋であった電気学会にも着ていったが、同じ学会に参加した後輩によると、さすがに後ろ姿は綺麗に見えるようだった。

今回頼んだ服の初回着用は茶道部の後輩の結婚式が初回着用になると思う。華紺でブルー系のネクタイを締めて、白いチーフを挿して出る。ちょっと仕立てが大雑把な感じはするが、生地が華やかなので、晴れの勝負服としては良いのではないかと思っている。この結婚式は自分にとっても結婚相手を探せる場にもなると思うので、きちんとした格好は必須である。結婚する彼を祝うのが最上位の優先事項であることは言うまでもないが。

最近卒業した研究室の後輩は麻布テーラーにつれていったが、そのときの服はどう出来上がってきたのかな?着丈短めでかなりコンパクトに頼んでいた。生地も標準より一つ良いグレードの10マンス(サージベースで真夏以外は着ることができると言うもの)あまりオーダーを初回から攻めすぎるのはお店にとってはしんどい筈なので気になっている。彼の服の好みからすれば、麻布テーラーは好みだと思う。トレンドをつかんでいる、というかトレンドを作ってきたような会社であるからだ。接客も採寸の時間をケチらないし、結構良いと思う。この辺は吉村も見習うべきか。

その初オーダーの彼を吉村につれていけなかったのは接客とトレンドの理解が少し足りないからである。仕上がりも長期的に見れば良いのだが、仕上がり直後の馴染み感が少し弱い。そこら辺を見通せるようになってから彼は連れてくるのが良いのではないか、と思っている。

(後日)出来上がりを何回か見返している。なかなか良い。そもそも胴回りのタイトなフィッティングが出せたのが最も良い。生地のグレードとしてはやはり上だったようで、ちょっと色味は単純で面白味は?(?)なのだが、生地のヌメリ感や薄さ(薄いからこそ仕立ての安価さが出てしまうので、よくないようにも思うのだが)はなかなか良い。もう少し着丈は長めにとればよかった。チャコールグレイの強撚糸のスーツですらも着丈としては短め(麻布テーラーの方が着丈は長い)でその意味ではちょっとエレガントさが損なわれてしまったようにも思える。釣りズボンにしたところはなかなか良い。靴がぼろいとちょっとみっともなくなってしまう(修理から帰ってくる)。生地のヌメリ感、ローゴージ、(比較的)ワイドラペルでちょっとエロさが出ているかもしれない。

茶会案

中国の留学生の学生さんが来ている。世代的には修士。中国本土からの論文をグーグル翻訳にそのままぶち込むのはまあ問題なのだが、また茶会でもやったら良いかな、と思っている。

彼は中国茶でもジャスミン茶や花茶が好きなようなので、それ系のものと、日本のお茶お菓子でも揃えて、軽い茶会をやったら良いような気がする。ジャスミン茶にしても花茶にしてもノンカフェインのハーブティ(刺激は弱め)なので、少し油脂の入った菓子がよさそうである。もしくは個人的な好みも入るのだが、杏仁豆腐みたいなものでもよい。こうしてみると香気はラクトン系の味のものなのだなと思う。