python使用環境構築

(2013/3/2) 科学計算用にpythonを使用することは結構流行の兆しがあり、環境構築されつつある。Pythonの特徴は比較的プログラミングが容易であること、モジュールをインストールすることにより多彩な既存プログラミングが利用可能であることである。またプログラミングの際に使用するインターフェースも多様にそろっており、対話型のものもある。

自分としては化学情報学の土台として利用したいという考えがある。化学の土台としてpythonを使用しようとするとopenbabelが使用できることが必要である。今回研究室のwin7(32bit)および自宅のwin7(64bit)上に構築したPython環境につい以下に説明する。

  • Python本体のバージョンは2.6.6.2である。
  • 使用環境であるPython(x,y)と一体化した状態で頒布されているので、それをインストールする。
  • OpenBabel の本体バージョンはOpenBabel2.3.2a_Windows_Installerである
  • インターフェースとなるpythonモジュールはopenbabel-python-1.8.py26
  • またその他モジュールがインストールされていない場合があるので確認する(oasa, pyemf)。
  • Windows上でパスが通っていない事があるのでデスクトップ>コンピュータを右クリックでプロパティをチェック、システムの詳細設定で環境変数を確認する(詳細はリンク6で確認のこと)


化学計算・化学情報学ベースとなるようなpythonのために必要なものは以下

  • python
  • openbabel
  • PIL
  • 一般的な数学系モジュール

これらのなかで実際に使用可能なモジュールの世代は

  • python本体 2X系は2.7まで、3X系は3.3まで
  • openbabel 実装は3.3や2.7でも出来るらしい(未検証;理由は以下)
  • PIL 2X系までサポート

これに加えてプログラミング言語ベース、プログラミングインターフェース

  • eclipseごく一般的なスクリプト開発キット、全python対応(python世代横断、Rubyなども横断して開発できる)
  • i-python対話型開発が可能
  • spyder(python(x,y))科学計算における必要なモジュールが網羅されている、対話型、マトラボに近い

などが使用するインターフェースの候補としてあげられる。ただしこのインターフェースによっては実行後に図が描像する場面もあったりする。その場合には各モジュールがインストールされていることが必須となる。その観点で言うと、やはり科学計算において必要なモジュールがほとんど一括でインストールされるpython(x,y)がもっとも便利であると考えられる。インターフェイスは数種類用意され、一般的にはi-pythonで対話型の探索で使用するのが良いと考えられる。なおspyderはpythonインターフェイスの中でもっともmatlabに近い様である。自分にとってはマトラボに近い方が科学計算の探索においては使いやすい(その意味ではRもR-studioが使いやすい)

さて、この中で自分のやろうとしている化学情報学に関して必須なモジュールはopenbabelである。このopenbabel、本来はpython用に作成されたものではないようである。おそらく本来はCで書かれており、rubyでもハンドリングが出来、windows用においては試しに使用しやすいGUIも用意されている。限定されたいくつかのバージョンのみがpythonインターフェースに適合するようモジュール化されている。それが“pybel”であるようだ(もう少し勉強したらわかるのだろうがちょっと放置)。最新バージョンを取得するためには、検索時には“pybel”という名前と“openbabel + python”という名前両面で検索することが必要である。

Python本体のバージョンは2.6.6.2である。Python(x,y)と一体化した状態で頒布されているのでインストールする。詳細は上述の通りである。また要注意な点としてはpython、Python(x,y)のインストールで、Python(x,y)においては一体型となっているので、それまでに同バージョンのpythonをインストール済みの場合はアンインストールする必要があるかもしれない。加えてPython(x,y)の2.6.6.2はパッチで完成するので、まずはPython(x,y)2.6.2.0のインストールを完了させ、そこからパッチの上書きでPython(x,y)2.6.5.6.2までアップする。その後python2.6.6(Python(x,y)ではない)をインストール。これに再びPython(x,y)2.6.6.1、Python(x,y)2.6.6.2のパッチを当てて完成させる。動作、モジュールの接続の確認はspyderから行うことが出来る。Python(x,y)には複数のpythonバージョンを切り替える機能がないようなので、2.6.6.2で固定して動かすイメージを持っていた方が良い。その際にそれ以外のバージョンでのプログラムを動かせる環境が必要であれば、別途eclipseなどの環境を整えるほかないようである。

動作確認はweb上に転がっている

インストール方法(セットアップの仕方)とか基礎知識系
1.OpenBabel – Wikipedia
2.Install Open Babel — Open Babel v2.3.1 documentation
3.python(x,y) – Python for Scientists
4.OASAoasa
5.pyemf Information – SourceForge.JP pyemf
6.Pharmaceutical Developer’s Note: PythonでOpenBabelを使うこれを元にセットアップした
*.Pybel: a Python wrapper for the OpenBabel chemin… [Chem Cent J. 2008] – PubMed – NCBI
*.OpenBabel2.3.0 (Windows) — Cheminformist
例題とか、試行スクリプト例とか
7.イヌダイスキ: Pythonのインストール(Python xy)・・・Pythonねた
8.Pythonで心理実験 – 例題10-3
9.科学計算のための楽々環境 python(x,y) – 傀儡師の館.Python – 楽天ブログ(Blog)
10.科学計算ごっこ 試行スクリプト例_数学計算
11.化合物の描画をしたい – ケモインフォクックブック 試行スクリプト例_化学
12.量子化学計算ビギナーズマニュアル化学情報学以外も視野に入る?

携帯電話の変更など少し調べる-続編-iphone / blackberry運用

(2013/3/2)iphoneの運用についてだいぶ調べた。中古の機器を導入して運用すると、身内に安価に持たせるのではないか、と言う観点があったからである。

そもそもMVNOなどでなくとも安価な運用は可能だと思っている。と言うのはブラックベリーのwifi設定を細かく設定してやることで、家でも大学でもほとんど3G回線に接続しないような運用条件になっていた時期があった。スマートフォンであっても、テキスト中心のやりとり、位置情報のやりとりを殆どしない条件で使用する、などの使用方法であれば意外にも月々の運用がパケット通信費が高い側のフラットに到達しない場合もあった。この様な使用方法の場合、通信速度は求められないので、ドコモの128kbpsやb-mobileの速度制限付きでも十分使用可能なものだ。

ちなみにblackberryは安価な運用への障壁が高い。ブラックベリーを使用する際にはBIS / BESが必要だが、それがサポートされているのはdocomoだけであるからである。MVNOなどがこれをサポートしてくれれば、値段は結構下がると思うのだが。

香りの創造と香りの“科学的”イメージ~ ルカトゥリン on TED

Twitterでルカトゥリンに関する話で盛り上がった。自分が、ルカトゥリンがTEDで話しているアーカイブをネット上の検索で発見して、evernoteにメモをするだけでは勿体なかったので、ツィートをしたのがキッカケだった。もちろん今更感はあるが、ルカトゥリンが振動論をTEDで喋っているというのはそれなりに価値のある事だと思えた。メモとしてツィートを打った。

ルカトゥリンは香りの科学においては振動論を支持していた人間として知られている。彼の仕事はこれがメインなのではなく、香料産業側にいるようなのだが…(詳しくはwikiにあったので参照ください)。

ルカトゥリン自身は香水に関しての本もいくつか出しており、その中には現在入手可能な香水を網羅した香水評価をまとめた著書「世界香水ガイド1437: 「匂いの帝王」が五つ星で評価する」もある。たいがいの入手可能な香水に関しての評価がなされている。実は知り合いの香水店でもこの本を一つの評価軸と考えていて、日本未導入の香水でもこの本の評価が良い物に関しては、入手経路を考えたり、海外買付時に安価だったら購入したりしている。自分自身も彼の「香りの愉しみ、匂いの秘密」を読んだことがあって、振動論の部分だけは思想が違うので受け入れなかったが、その他の部分では結構面白い本だな、と思っていた。

もう一つ振動論がらみで普段から考えていることがある。今となっては振動論を積極的に肯定できる科学根拠はないのだが、香りのクリエーションには振動…放射される波動や音階的解釈…ひいてはオーラのようなものとしての理解は必要であろう。と思う。香りを作るときに、「オーラ」とか「放射されるエネルギー」、「共振」という解釈を持っていると、クリエーションと香料物質の感覚面での摺合せがうまくいく気がする。香りのクリエートと香りの振動論は相性が良い気 がするのである。

和音にオーラが宿るのかな、香りのアコードにオーラが宿るのかな?…それらは美学を追求することであり、その探求はアーティストの仕事であるように思う。アーティスティックな創作活動において、創作物のイメージを把握すること、自分が作ったものではない創作物についてもそのイメージを(自分なりであっても良いから体系的あるいは唯物的に…(?))把握することは必要であって、その上で自分の創作能力を駆使して、創作活動をする。これが香りに限らないアーティスティックな創作活動の本質であろうと思う。その際に、その創作対象は科学的に理解されてなくとも良い。また創作物のイメージが科学的根拠に必ずしもリンクしなくても良い。その創作活動のイメージの生成土壌として振動論は必ずしも悪いものではなかったのではないか、と思うのである。

TED収録は2005。振動論として香りについて科学として語ることは、おそらくこの時期くらいまでしか許されなかったであろう。それと前後してbuck axelが嗅覚受容体の存在証明でノーベル賞を受賞し、科学的存在価値が確立したからである。

ルカトゥリンは香りの科学も解り、香りの美学も判る人だったのだろう。

自分も香り自体の美学も、科学(化学~science~心理学とかまで)も分かる人になりたいと思っている。香りの科学と、香りの美学の両面が判る人間になりたい。

1.Luca Turin on the science of scent | Video on TED.com
2.Luca Turin – Wikipedia, the free encyclopedia
3.luca turin (lucaturin) on Twitter たぶん本人
4.世界香水ガイド: 「匂いの帝王」が五つ星で評価する – ルカトゥリン, タニアサンチェス – Google ブックス
5.香りの愉しみ、匂いの秘密 – ルカトゥリン – Google ブックス

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文化庁メディアアート受賞作品展(2013/2/13-24)をみる

(2013/2/25) 美術展(現代アート)に関して。現代美術の展覧会で、文化庁メディアアート受賞作品展という展覧会があった。応募作品はアート(純粋なインタラクティブアート)、エンターテイメント、アニメーション、マンガ、そのほかという構成。2月13日から24日まで国立新美術館をメイン会場に開催された第16回文化庁メディア芸術祭 受賞作品展が行われた。最終日(日曜日)に訪問したのだが、結構な人出で驚いた。多彩なアート・エンターテイメント・広告技術というものは求められているのだなぁ、と思った。以下に面白かったもの、話題のものを。

Nekomimi; ある意味、ディズニーランドのミッキーの耳のような猫耳型の被り物のようにも見えるのだが、三箇所のセンサーが脳波をセンシングして、脳波に応じた猫耳が動く仕組みになっている。現在も販売されているようで、発表されたときにはネット上で結構な話題になった。センサー3箇所をつけないと全く応答しない。センサーの取り付けさえきちんとできれば耳は結構頻繁に動いて、飽きさせない。子供につけさせようとしているお父さんが結構苦労していてちょっと面白かった。

ウダー;インタラクティブ楽器、電子センサーを環状に配した楽器。センサーは割とタイトになっていて慣れが必要だが、広い音域をあまり大きくない手の動きで出せる。音域が広く和音を出すことも可能、

perfumeのダンスソース。3人組のポップスユニットperfumeのダンスの動画用ソースが公開されていて、さまざまな3D CGのデータとして編集が可能になっているようだ。3人がダンスする位置データに3Dでスキンをつけてダンス動画を製作できる。その製作例がいくつも発表されていて、見ることができる。

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