自宅のlinux環境整備 ①/2

かねてよりの懸念だった、自宅のPC環境が解決した。現在3つのOSが上がる状態になっている

  • windows 7 64bit
  • scientific linux 6.2 64bit
  • ubuntu13.04 64bit(ubuntuは不安定)

とりあえずscientific linux上での作業環境の構築を目指す。そのためにはまず新しいlinux上に作業できる環境を作成しないと。

windows側ではGAMESSが回らないことがわかり、それをlinux側で再構築し、綺麗に回せるシステムの構築が必要だった。その後、OSのダブルブート化と、マザーリプレースを行った。このウィンドウズとlinuxのダブルブートだったPCをLGA2011系に置き換えたのがそもそもの問題だった。ダブルブートのlinux側がうまくスタート画面までいかず、その修正が必要だった(以下本稿は羅列的)。

(2013 6月 27, 木曜日)時間はないのはわかっていたが、ちょっとトライアルしてみていた。ひとつ目はノートPCにPUTTYをインストールしてのリモートアクセスを試みた。結果的には失敗。理由は本体の方でリモートアクセスを不許可にしていたからである。結局パソコン本体の方でせめてCUIが使えないとなにもできないことがわかった。

当初原因ではないかと考えていたのはLGA2011系にはグラフィックをのせるアーキテクチャーにはなっていない。使用しているグラフィックプロセッサーGTX580はWINDOWSでは認識されているが、LINUX系では認識されないのではないかという推測だった。だが今回のロープロファイルでしか画像が表示されない現象は、ランチャーが上がっていなくても設定画面は呼び出せるので、そちらの方で設定し直しが可能だった(それまでにグラフィックドライバーをインストールした履歴があったのも大きい) だがグラフィックドライバを正しいものに置換してもランチャーは上がってこなかった。

恐らくその原因は一部の設定ファイルが破損しているためだと思われる。ネット上でこの症状を検索すると、12以降で割と見られるらしく、それを対処する方法としてCUI画面を呼び出すショートカットキーの説明と、設定ファイルの再設定方法が載っていた。現状それを軽く確かめてみたが、回復するところまではいっていない状態である。一度ubuntu13.04を再インストールするか、全く消去してsocientific linuxをインストールするかを検討する。

(2013 7月 12, 金曜日)そもそもLGA2011-windows7の系がきちんと回る体制になれば全く問題はないのだが。

科学計算をしようとした際、ubuntuではモジュールが足りなくなってしまう場合があるとのことだった。これを解決しようと、scientific linuxをインストールすることにした。だがsocientific linuxをはじめとするRHEL系はGRUBが違うようで、きちんとプライマリーディスクにGRUBまたはブートメニューが生成しなかっただけでなく、grub rescueで見てみてもどこにブートのファイルがあるのかわからない状態になった。

このgrub系を何とかするために、3番目のOSをインストールすることにした。ubuntu/win7/scientific linuxのトリプルブート状態にしてしまい、ubuntuの grub writterで全grubをきれいに纏めれば良いのかもしれない。(さっさとマトモに仕事が回る体制にしたい)

(2013 7月 19, 金曜日)選択したのは、ubuntu13.04 64bitにした。起動や使用した際の感覚速度の早さは必要とはしないので、セカンダリHDD(HDDタイプ)にインストールした。起動初期においては、grub rescueが必要であったが、どこにブートファイルがあるのかはわかっていたので、楽だった。ブート完了後は正常なファイル位置にブートファイルを書かせて完了。(このときにも少し落とし穴があり、HDDとSSDの2台体制になっており、時々、プライマリーディスクが入れ替わってしまうことがある。このためわざとgrub installの場面で、dev/sda dev/sdb両方にgrub ファイルをインストールさせる。これによって、プライマリーHDDが入れ替わってしまっても、起動できるようにする。

scientific linuxは少々わからない点も多いが、コマンドラインから色々弄ってみて、色々なソフトウェアをいれてみようと思っている。標準でR pythonは入っているようなので、RStudio, pythonxy(spyder)を使えるようにしてみようかと思っている。何らかのオンラインフォルダを用意して、同じR環境やpython環境、ワークスペースが構築できたら良いなぁ、と思っている。(それにしてもワークスペースの同期は容易だが、pythonファイルの構造の同期って可能なのか?)

本当はwindowsでもlinuxでも同じワーキングフォルダ、モジュール環境な状態になっていれば、面白いのだが、なかなかそうは行かないようである。とりあえずscientific linux上での作業環境の構築を目指す。そのためにはまず新しいlinux上に作業できる環境を作成しないと。その環境の設定がどうであったのかは、blogを参照しながら再構築してゆく

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